Balisé depuis 2004 avec la coquille européenne stylisée, jaune sur fond bleu, le chemin franc-comtois quitte l’Alsace à Bellemagny (68) et démarre à Angeot (90). Il progresse dans des espaces verdoyants depuis les contreforts vosgiens au nord et progresse vers le sud-ouest, jusqu’à l’entrée en Côte d’Or à Saint-Jean-de-Losne (21), pour poursuivre vers Cluny et le Puy-en-Velay. Le marcheur peut également, à partir de Gy (70), continuer vers Gray, à l’Ouest, avant d’entrer en Bourgogne au château de Rosières (21) pour rejoindre Vézelay.
La partie la plus urbanisée du chemin de Compostelle franc-comtois traverse le Territoire de Belfort. Après une vingtaine de kilomètres, le chemin entre en Haute-Saône où espaces humides, forêts, cultures, plateaux calcaires composent un paysage varié. L’habitat présente les traces des activités humaines, comme l’élevage, la culture, dont celle de la vigne. A remarquer, notamment dans les « petites cités comtoises de caractère» (Villersexel, Fondremand, Bucey-les-Gy, Gy, Marnay), le patrimoine architectural et paysager préservé et valorisé, les églises au clocher en forme de bulbe, les nombreux lavoirs et fontaines restaurés. Le franchissement de l’Ognon, près de l’abbaye d’Acey, marque l’entrée dans le Jura (39). Le chemin longe alors le bord Nord-Est du massif de la Serre, puis domine les plaines de la Saône avant d’entrer en Bourgogne.
A noter qu’une bretelle, venant de Bâle, en Suisse, rejoint le chemin principal à Héricourt (70) et une autre, partant de Besançon (25), rejoint ce même chemin principal à Marnay (70).